Bioloogilised Varroa destructor kontrollimeetodid hõlmavad elusorganismide ja mesilaste looduslike kaitsemehhanismide kasutamist võitluses lestadega. See lähenemine erineb olemuslikult keemilisest tõrjest, mis tugineb sünteetiliste ainete kasutamisele. Bioloogilisi vahendeid peetakse enamasti jätkusuutlikumaks ning integreeritud kahjuritõrje (IPM) süsteemis paiknevad need kõrgemal kohal kui keemilised preparaadid.
Üks bioloogilise tõrje suund – Varroa looduslike vaenlaste kasutamine lestade kontrolliks. Praegu uurivad teadlased valeskorpionide (Pseudoscorpiones) potentsiaali lestade hävitamiseks. Kuigi laboritulemused on paljulubavad, ei ole need vahendid seni laialdaselt kättesaadavad ning vajavad edasisi uuringuid ja katsetusi välitingimustes.
Teine oluline bioloogilise tõrje valdkond – mesilaste endi bioloogilised ja käitumuslikud kaitsemehhanismid. Need protsessid toimivad pere tasandil ja kujundavad niinimetatud kollektiivse immuunsuse – võime kogu mesilaspere reageerida parasiitide tekitatud ohule.
Kaks olulisemat käitumisviisi, mis aitavad kaasa Varroa looduslikule kontrollile, on puhastamiskäitumine ja hügieeniline käitumine.
Puhastamiskäitumine – see on mesilaste vastastikuse hoolduse vorm, kus töölised puhastavad end ja üksteist, eemaldades mustuse või parasiidid, sh lestad. Pered, mida iseloomustab intensiivsem puhastamiskäitumine, tulevad parasiitidega tavaliselt paremini toime ilma mesiniku sekkumiseta.
Hügieeniline käitumine – see on võime tuvastada ja eemaldada nakatunud või ebaterved vastsed ja nukud. Mesilased avavad kärjekannude kaaned ja eemaldavad vigase haudme, eemaldades koos sellega ka Varroa lestad. Kuigi selline haue ei arene lõpuni, pidurdab see protsess oluliselt lestade levikut terves peres.
Need käitumuslikud omadused on tihedalt seotud aretusega. Üks pikaajalise bioloogilise tõrje põhieesmärke on valida ja paljundada selliseid Apis mellifera liine, mis loomuomaselt avaldaksid tugevat hügieenilist käitumist ja vastupidavust lestadele. Uuringud näitavad, et see on üks usaldusväärsemaid ja perspektiivikamaid strateegiaid sõltuvuse vähendamiseks keemilistest preparaatidest. Oluline on siiski märkida, et käitumuslike tunnuste avaldumine sõltub keskkonnatingimustest, mistõttu ühes piirkonnas aretatud mesilaste liinid ei pruugi teises olla tõhusad. Enne lestakindlate mesilasemade soetamist soovitatakse veenduda, et neid on katsetatud kohalikes tingimustes.
Bioloogilisi vahendeid, eriti aretust hügieenilise käitumise ja puhastamiskäitumise järgi, peetakse IPM-süsteemis ennetusmeetmeteks. Need aitavad hoida nakatumise taset madalal ilma suuremate sekkumisteta ning on pikemas perspektiivis kõige perspektiivikamad. Kuigi praktikas domineerivad sageli keemilised vahendid, peaks bioloogiline kontroll olema peamine strateegiline suund kestliku lahenduse saavutamiseks.